引种是指从国外或外地引进食用菌新种类或新品种，通过适应性栽培试验后，最后在本地推广栽培。系统选育又称为选择育种，是以食用菌的自然变异为基础，有意识地控制和积累有益突变，经过长期去劣存优的选择，最终培育出优良新品种。系统选育方法简单，应用普遍，虽然属于传统的常规方法，但育种效果好，也是其他育种方法的基础。
一、引种
为了确保引种成功，避免对生产带来不良影响，食用菌引种时应遵照某些基本原则，并按照一定的步骤进行。（一）制定引种计划、任何一种人工栽培的食用菌，都有性状各异的众多种。不同品种适宜的环境条件不同，生产特性以及适宜的产品形式也有差异。因此，引种前要广泛搜集相关信息，咨询有经验的同行，通过全面比较和分析，更加全面、客观地了解有关品种的特性，后根据引种地的气候环境和生态条件，预测哪些品种可能适应本地自然条件和栽培要求，初步确定引种的品种、区域和单位。
为了确保引种质量，应当从可靠的单位引种。由于生产者专业理论水平和实践经验相差悬殊，以及多次引种和各级菌种分散生产，造成在不同生产者手中的菌种差异甚大，同物异名、同名异物的情况时有发生，甚至一些生产者对菌种的品种名称和基本特性都不甚明了，因此，引种前一定要详细了解供种单位的专业技术水平和生产应用情况，确保引进高质量的优良品种。对于已决定引进的品种，一定要详细了解其生物学特性、生产性状和栽培技术要点，如适宜的培养料配方、发菌期、出菇期、抗逆性、抗病虫能力、菇形特征、产量、子实体商品性状、适宜的栽培模式和出菇管理技术要点等。
（二）品种性状观察、最好选择2~3个品种同时进行小规模试种，以当地推广的优良品种为对照。初步观察引进品种对本地气候环境和生产条件的适应性，选择表现良好、符合引种要求的品种做进一步的比较试验。（三）品种比较和区域试验、对初步筛选出的引进品种，扩大栽培规模，通过品种比较试验和区域试验，确定最优的品种及适宜的推广范围。（四）栽培试验、通过栽培试验进一步明确引入品种特性，并形成配套的栽培措施。（五）品种配套、根据市场和当地的气候特点，选择1个以上的品种进行栽培，以提高经济效益，防止灾害性气候带来生产风险；即使只栽培1种食用菌，也应当选择适于在不同区域、不同生产条件和不同季节进行栽培的多个品种。
二、系统选育
食用菌在生长过程中会不断受到来自外界及自身因素的影响，从而发生遗传物质的改变，这种现象称之为自发突变。根据育种目标，利用野生菌株和栽培品种在生长过程中由于自发突变而形成的变异类型进行人工选择，从中分离选育出优良新品种的过程就是系统选育。优良品种系统选育的程序一般包括如下方面：（一）种质资源的收集、根据系统选育目标，尽可能地收集足够数量的有代表性的种质资源。一方面收集国内外生产中应用的栽培品种和有关单位保存的野生菌株，另一方面广泛采集野生菌株。野外采集时，同种食用菌不同菌的株采集地点的地理条件应有明显的差别注意详细记录时间、地点、海拔、坡向、基质等采集信息。（二）纯菌种分离、采集到野生食用菌或发现优良变异菌株后，应尽快采用孢子分离、组织分离、菇（耳）木分离等方法取得纯菌种。
（三）生理性能测定、为了提高工作效率，缩短育种时间，对于已收集或采集分离到的纯菌种要进行生理性能的测定。在平板培养基上对不同菌株进行拮抗试验，淘汰那些来源相同的无拮抗性（即无体细胞不亲和性）的菌株，保留那些有拮抗性的菌株。进一步可在平板培养基上测定有拮抗性的菌株的菌丝生长速度、生长势、对于温度的反应等生理特性。（四）生产性能比较试验、经生理性能测定后初步筛选出的菌株，需进一步通过出菇试验，比较它们生产性能的优劣。根据实际情况选用袋栽、瓶栽、段木栽培、露地栽培、层架栽培等适当的栽培模式和方法。应当按生物统计的原理进行出菇试验设计，使接种量、培养基成分、栽培管理措施等可能影响试验结果的因素保持一致。对每个菌株的菇形性状、色泽、温型、出菇期、干鲜比、产量、菇数等，都要做详细观察和记录。
（五）扩大栽培试验、菌株做完生产性能比较试验后，对初步选出的优良菌株，进一步扩大栽培规模，比较其出菇情况，对筛选结果做进一步验证。每个品种一地一次的代料栽培面积不少于50m2，段木栽培每品种不少于100根。最好采取多年多点重复试验，栽培试验结果要进行统计分析。（六）开展示范推广、经扩大栽培试验后，对选出的优良菌株有了更明确的认识；但在大规模推广之前，应选取数个有代表性的试验点（不同地域、不同气候条件等）进行较大面积的示范性生产，以进一步确定拟推广优良菌株的特性。待结果得到确证后，才可逐步推广。
