1、换茬、轮作、切断病虫食源。对于发生过严重病害或虫害的栽培房，不应连续种植相同的品种，以防相同病虫爆发、难以控制。
2、选用抗病性强、生命力强、高纯度菌种，引进优良菌种时选择适宜季节温度出菇的品种，这样才能消除或减少病虫害侵染的机会，安全发菌顺利出菇。
3、保持制种场所环境清洁、干燥。提高菌种成品率的重要措施之一就是保持整个制种发菌场所清洁、干燥、无污染的菌袋、无积水、排水沟通畅以及空气、水源清新、干净。这样空气中杂菌指数低。
4、同一菇房、同一品种、同期播种、出菇。采取这种措施便于管理和防治病虫危害。在保证正常出菇的条件下，适当降低菇房内的温度、增加通气量、有助于减少病虫菌生存条件。采菇后及时清除残菇、断根、清除污染菌袋，保持菇房清洁，最大限度地降低病虫滋生条件。
